Séquençage N-Terminal

Pourquoi étudier l'extrémité N-Terminale d'une protéine?

Pour avoir lieu, plusieurs processus biologiques nécessitent qu'une modification post-traductionnelle soit effectuée sur une protéine. Par exemple, la majorité des homones peptidiques sont produites sous la forme de pro-hormone et nécessite un clivage protéolytique pour devenir active. Les protocoles qui nous permettent d'identifier l'extrémité N-Terminale d'une protéine deviennent donc très intéressants pour étudier la maturation des hormones, ou de tout autre protéine. En utilisant une combinaison de réactions chimiques, d'enrichissement et de spectrométrie de masse, nous pouvons identifier le "N-Terminome" d'un échantillon. Cette technique peut être utilisée pour identifier l'extrémité N-Terminale d'une seule protéine, ou de toutes les protéines détectables dans l'échantillon. 

Protocole général

1. L'extrémité N-Terminale native des protéines est tout d'abord protégée à l'aide d'un groupement chimique, généralement via la diméthylation des amines.
2. Les protéines sont alors digérées à l'aide d'une protéase, ce qui génère de nouveaux N-Termini.
3. Ces nouveaux N-Termini sont ensuite étiquettés à l'aide d'un second groupement chimique pouvant être pêché par affinité. 
4. À l'aide de billes ayant une affinité pour les nouveaux N-Termini, ces derniers sont déplétés de l'échantillon.
5. Le résultat de cette déplétion est que seuls les peptides ayant été protégés par la première réaction chimique demeurent dans l'échantillon. Ces peptides représentent les N-Termini des protéines et peuvent être identifiés par LC-MS/MS.

Rapport de données

Pour le séquençage du N-Terminal d'une protéine pure

Le rapport de données inclue la séquence du N-Terminal identifié, en plus des spectres MS et MS/MS. Toute autre information pertinente pourra également être fournie sur demande.

Pour le séquençage du N-Terminal d'un protéome complet

La liste de chaque N-Terminal identifié et confirmé sera fournie, en plus de la séquence. Toute information pertinente pourra également être fournie sur demande.