Quantifiez des milliers de protéines en utilisant la force combinée de la plateforme de préparation automatique des échantillons Proteograph de Seer et de la spectrométrie de masse à acquisition indépendante des données (DIA) pour des expériences performantes de découverte de biomarqueurs dans le plasma.
Les nanoparticules sont connues pour leur capacité intrinsèque à lier les protéines. La plateforme de préparation d'échantillons Proteograph de Seer pour la protéomique du plasma s'appuie sur une bibliothèque de nanoparticules brevetées pour enrichir les protéines de faible abondance. L'élégance de cette technique repose sur les interactions hautement reproductibles, mais non spécifiques, entre les protéines et les nanoparticules. Contrairement aux méthodes de protéomique plasmatique basées sur les aptamères et les anticorps, le système de fractionnement plasmatique du Proteograph est indifférent aux espèces et peut être utilisé pour des expériences de découverte de biomarqueurs dans des échantillons non humains.
Comment cela fonctionne-t-il ?
Les protéines de l'échantillon de plasma sont attirées par les nanoparticules pour former ce que l'on appelle une "couronne de protéines". La composition de la couronne de protéines est affectée par différents paramètres, tels que la taille, la forme, la porosité, la charge et la chimie de surface des nanoparticules et des protéines elles-mêmes. En utilisant un noyau magnétique et différentes chimies de surface, le Proteograph assemble et isole différentes couronnes de protéines qui couvrent toute la gamme des concentrations de protéines dans le plasma. Ces protéines sont ensuite digérées en peptides et sont prêtes à être analysées par LC-MS/MS. Vous pouvez en savoir plus sur la technologie de Seer sur leur site web.
Fig. 1 Illustration d'une « Couronne de protéines »
L'acquisition indépendante des données (DIA) offre une puissance inégalée en protéomique quantitative sans marquage. Cependant, la profondeur d'analyse que l'on peut obtenir d'un flux de travail DIA dépend fortement de deux facteurs : la gamme dynamique des concentrations de protéines dans l'échantillon et la qualité de la bibliothèque d'ions. La puissance de fractionnement de l'instrument Proteograph permet à notre équipe de réduire considérablement la plage dynamique des concentrations de protéines afin de quantifier de manière reproductible plus de 1 500 protéines dans le plasma. Pour encore plus de flexibilité, nous proposons des options de gradient qui se traduisent par différents rendements en nombre total de protéines quantifiées.
Le rapport de données pour nos expériences de découverte de biomarqueurs plasmatiques par protéomique quantitative sans étiquette est fourni dans un format convivial ou par le biais du logiciel d'analyse Proteograph en ligne. Nous fournissons des statistiques de base telles que la moyenne, l'écart-type, le %CV et le changement de pli pour chaque protéine afin de permettre des comparaisons directes entre groupes. D'autres statistiques avancées telles que les ACP, les diagrammes en volcan (volcano plot), les cartes thermiques de regroupement, l'ontologie des gènes, etc. sont également disponibles.