Analyse PTM

La spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) peut fournir des informations primordiales sur les protéines, notamment l'identification et la quantification des modifications post-traductionnelles (PTM).

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Les modifications post-traductionnelles, ou PTM, sont des altérations physiques qui se produisent de manière régulée sur presque toutes les protéines après leur traduction initiale. Si le rôle de certaines modifications post-traductionnelles est encore inconnu, les scientifiques savent désormais que la plupart de ces modifications sont impliquées dans la régulation d'une multitude de processus biologiques tels que la survie cellulaire, le métabolisme énergétique et la transduction des signaux, pour n'en citer que quelques-uns. D'un point de vue mécanique, les PTM sont le moyen par lequel les cellules détectent les modifications de leur environnement, transmettent un signal à l'organite approprié et produisent une réponse biologique adaptée au stimulus.  

Les PTM sont de nature très variée et peuvent être réversibles ou irréversibles. En fonction de leur impact sur la protéine cible, les PTM peuvent également être classées en cinq familles distinctes. Vous trouverez ci-dessous une liste non exhaustive des PTMs que l'on peut trouver dans un échantillon :

  • Modifications réversibles
    • Modifications réversibles
      • Ajout d'un groupe chimique
        • Phosphorylation
        • Acétylation
        • Méthylation
        • Hydroxylation
      • Ajout de molécules complexes
        • ADP-ribosylation
        • Glycosylation
        • AMPylation
        • Lipidation
        • Prénylation
      • Ajout d'un polypeptide
        • Ubiquitylation
        • SUMOylation
    • Modifications irréversibles
      • Modifications des acides aminés
        • Désamidation
        • Eliminylation
    • Clivages

    Spectrométrie de masse à haute résolution pour les analyses PTM

    En tant que principal moyen de régulation des processus cellulaires, les PTM sont très étroitement modulées et se produisent généralement de manière transitoire et/ou à des niveaux très faibles. Par conséquent, la quantité totale d'une PTM spécifique est très faible par rapport à l'ensemble du protéome. Cela signifie que même avec un spectromètre de masse haut de gamme, nous devons effectuer une opération d'enrichissement de la PTM d'intérêt pour mener à bien une expérience en LC-MS/MS quantitative. Le workflow général pour une analyse des PTM par spectrométrie de masse est le suivant :

    Rapport de données

    Les données des expériences de protéomique ciblant les PTM seront livrées dans une feuille de calcul. Nous fournirons des statistiques de base telles que la moyenne, l'écart type, le %CV et le changement de pli pour les comparaisons de groupe d'une manière centrée sur le peptide. En fonction du nombre de répliques, nous générerons un intervalle de confiance ou un test T de Student pour déterminer la significativité. En outre, nous fournissons un onglet de données interactif où vous pouvez visualiser les informations pertinentes pour une protéine donnée. Si nécessaire, nous pouvons également générer des analyses statistiques plus avancées, telles qu'une analyse en composantes principales (ACP), un regroupement par cartes thermiques et une ontologie des gènes.

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    "PhenoSwitch Bioscience nous a fourni un service efficace, des données de haute qualité et des analyses de données exemplaires au cours des trois dernières années."

    Stephen Naylor, Ph.D., CEO chez ReNeuroGen LCC, Milwaukee, USA

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